这是一个常见的误解。有一部分家长认为，譬如荨麻疹疫苗（measles）、腮腺炎疫苗（mumps）、还有风疹疫苗（rubella）等会引起或者自闭症，或者，会加重儿童自闭症的严重程度。
然而，CDC（美国疾控中心）发表声明称目前尚未发现接种疫苗和自闭症存在联系。
自闭症和接种疫苗并无关联
2013年的一项研究证实：自闭症儿童与非自闭症儿童，在注射疫苗后产生的抗体或其他物质的数量是相同的。
有人声称硫柳汞是一种含有汞的防腐剂，属于特殊疫苗，与自闭症有联系。但是，自2003年以来，至少有9项不同的研究提供了与该说法相反的证据。
《柳叶刀》杂志发表的第一篇论文引发了有关疫苗和自闭症的争论。然后12年之后，随着数据篡改的证据浮出水面，该研究的欺诈本质也变得更为清晰。受此影响，作者安德鲁·韦克菲尔德（Andrew Wakefield）的资格和执业许可事被机构剥夺。
现如今，很多家长，尤其是特殊儿童家长在对待是否应该接种疫苗的问题上犹豫不决，对此，目前科学尚未证明疫苗对于自闭症是有害的。不过，家长的谨慎，也会被大部分人理解。然而，对于国内政策，儿童上幼儿园小学，都需要提供疫苗接种记录（小绿本），这恐怕也是烦恼着大多数特殊儿童家长的另一个重要原因。
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